Existe un antes y un después respecto a la historia de la ciencia y fue gracias a Descartes y Galileo. La nueva filosofía de Descartes pretendía inculcar las bases de un pensamiento racional, autónomo de las ideas religiosas, que fuese capaz por si sólo de descubrir lo que había alrededor. Se produce un importante cambio en todo lo concerniente al pensamiento que había estado en boga los siglos anteriores: Es a partir de este siglo, cuando los humanos piensan que es la naturaleza la quien gobierna y pretenden descubrir sus leyes. Se inicia un nuevo periodo en el pensamiento occidental teniendo varias consecuencias: existe una distancia del pensamiento pensante (rex cogitans) de la realidad sobre la cual se piensa (rex extensa), es desde este momento en el que se separan filosofía y ciencia, el conocimiento se basa en tres principios y que están bajo lo que se ha denominado paradigma de la simplificación:

           El primer principio es el de la disyunción que consiste en una relación entre dos elementos o más y uno de ellos excluye a los demás y que cada disciplina se tiene que analizar de manera autónoma.

           El segundo principio es el de la reducción, lo que conocen las personas que están dentro de ese grupo está por encima de lo que se conoce en general.

           El tercer principio es el de la abstracción, que lo basa todo en ecuaciones y formulas

Desde que Descartes introdujo su planteamiento filosófico cogito ergo sum, que traducido del latín significa: pienso, luego existo en su obra El Discurso del Método, ha variado sustantivamente todo el pensamiento occidental. Para Descartes, el concepto pienso es muy extenso, no solamente abarca el pensamiento como búsqueda y reflexión de un conocimiento, sino también de la actividad que tiene todo ser humano: la duda, la certeza, los sentimientos, lo espiritual y lo intelectual, está dentro de lo que se llama Cogito, es decir la primera verdad conocida y el modelo de toda la verdad con la que se pretende alcanzar la razón.